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Fin dalla prima metà del 1800 si era venuti a conoscenza della necropoli e dei resti emergenti della città dell'Orizzonte e i medesimi erano stati registrati e sommariamente messi in pianta.

Fu a seguito della scoperta delle tavolette che vennero stimolati gli scavi. Primo fra tutti Flinders Petrie, tra il 1890 e il 1891, determinò l'esatto luogo del rinvenimento, ne chiarì il contesto e proseguì nella speranza di trovare altre tavolette. Ma fu disilluso.

Contemporaneamente le tombe e le stele di confine vennero copiate dalla Egypt Exploration Society, che fu impegnata in tal senso fino al 1907.

A seguire, tra il 1911 e il 1914, ebbe luogo un'altra serie di campagne di scavo, dirette da Ludwig Borchardt ed eseguite dalla Deutsche Orient Gesellschaft, compreso un preciso rilievo topografico e scavi nei quartieri residenziali.

Successivamente alla Prima Guerra Mondiale, la Egypt Exploration Society dette luogo a una terza campagna di scavi (1921-36), concentrata soprattutto negli edifici pubblici della zona centrale della città. La stessa opera in loco tutt'oggi, con una campagna iniziata nel 1977 da Barry Kemp (Università di Cambridge, UK), e volta a chiarire la funzione pubblica e cerimoniale della città, oltre che allo studio della tecnologie e della vita quotidiana delle abitazioni private.

Per merito delle particolari condizioni di conservazione e delle tecnologie di scavo recentemente applicate, El-Amarna costituisce un'area privilegiata per lo studio dell'urbanistica e dell'edilizia civile dell'antico Egitto.