Inizialmente la parola "aton" indicava semplicemente il disco solare fisico. Più ardi questa parte visibile fu interpretata come una manifestazionse visibile di Ra: si diceva del dio sole che "il suo corpo è Aton". Un sacerdote di Eliopoli, sotto Tuthmosi IV, diede all'Aton potenza divina. Aton in quel periodo si riferia aun largo scarabeo commemorativo, e l'Aton divino era il disco solare stesso. La teologia atoniana fu molto in voga sotto Amoenofi III, ma raggiunse il suo apice con il suo successore, Amenofi IV-Akhenaton.
Nei primi cinque anni del regno di quest'ultimo, Aton era ancora rappresentato come uomo a testa di falco, come Ra-Horakhte, ma in seguito non fu più una divinità antropomorfa, ma l'elaborazione di un geroglifico della luce solare: il disco solare (che si legge appunto "aton") visibil nella vita quotidiana e rappresentato semplicemente. Ne era l'unica decorazione l'
Uraeus, simbolo di regalità. Dal disco partivano i raggi solari, alcuni dei quali terminavano con delle minuscole mani che reggevano l'
ankh, il geroglifico della vita, che la divinità donava ai regnanti.
La teologia atoniana portò a una riforma radicale, che ricusò tutte le divinità (specie Amon) in favore di Aton, e che venne tacciata di eresia. Il culto dell'Aton non era una novità assoluta, ma tale riorma non si ispirav direttamente alle antiche credenze religiose di Eliopoli e alle varie forme in cui gli Egizi adoravano il Sole: la teologia Amarniana venerava il sole come forza portatrice di vita e gioia, non curndosi di pensare alla morte. Rifiutava il sincretismo diffuso e di cui le "teologie" sono un segno.
Secondo Gardineril culto di Aton era un "genuino monoteismo e la vera grandezza del riformatore sta nel coraggio morale con cui lottò per spazzare via il vasto cumulo di superstizioni mitologiche ereditato dal passato; grandezza negativa, d'accordo, ma che gli era stata ingiustamente contestata".
Unanime invece il giudizio sul suo "Inno ad Aton", uno fra i più ricchi testi che ci abbia fornito l'Egitto antico.