Con l'unificazione del paese e la fondazione della XVIII dinastia, ebbe inizio il Nuovo Regno (1580-1085 a.C.) o secondo impero tebano, forse il periodo più fiorente della storia egiziana. Si ristabilirono i confini e le strutture di governo del Medio Regno, riprendendone anche il programma di bonifiche, e venne mantenuta l' autorità sui governatori locali grazie al controllo dell'esercito. La capitale fu spostata ancora una volta a Tebe, città di cui era originaria la XVII dinastia e dove aveva sede il culto del dio Ammone, destinato a diventare, durante il Nuovo Regno, il più importante di tutto l'Egitto. Un elemento di novità del Nuovo Regno fu l'importanza acquisita dalle donne, illustrata dagli alti titoli e dalle posizioni riconosciute alle mogli e alle madri dei sovrani.
Vennero estesi i confini dell'Egitto in Nubia e in Palestina e iniziò i lavori delle grandi costruzioni di Karnak; si abbandonò la forma della piramide come sepoltura, e i faraoni iniziarono a farsi seppellire in una tombe a camera scavate nelle pareti rocciose di una valle vicino a Tebe (detta poi Valle dei Re).
Venne riconquistata prima la Siria e la Palestina, che nel frattempo si erano rese indipendenti, e in seguito vennero fatte una serie di spedizioni militari (narrate negli annali del tempo, ritrovati nel tempio di Karnak), nel tentativo di espandere i confini dello stato e di affermare l'egemonia egiziana in Oriente.
L'espansione territoriale dell'Egitto, che arrivò a sud fino alla quarta cataratta del Nilo, non era stata mai così estesa,ma cresceva la minaccia di nuove guerre costituita dagli ittiti e dallo stato di Mitanni. Infatti nel Vicino Oriente la situazione, a causa del sorgere dei nuovi imperi, si faceva più difficile per l'Egitto; ne è prova anche l'intensificarsi delle relazioni diplomatiche e il matrimonio fra Tutmosi IV e la figlia del re di Mitanni, anche Amenofi III, figlio di Tutmosi IV, sposò la sorella del re di Babilonia e le relazioni con i regni vicini si mantennero stabili.
Il figlio, ed erede, Amenofi IV (1372-1354 ca. a.C.) è ricordato soprattutto per la riforma religiosa, volta a contrastare il potere dei sacerdoti di Ammone. Infatti, fin dalle origini della dinastia il clero tebano aveva avuto un'importanza eccessiva, spesso condizionando l'operato dei faraoni. Amenofi IV compì dunque un gesto rivoluzionario: abolì il culto di Ammone, ne chiuse i templi e ne disperse i sacerdoti. Impose quindi un nuovo culto monoteistico, quello di Aton, il dio del sole, e cambiò anche il suo nome in Akhenaton ("colui che è gradito ad Aton"). Egli abbandonò Tebe per una nuova capitale, Akhetaton (oggi Tell el-Amarna), costruita lungo il Nilo 300 km a nord di Tebe, in onore di Aton.
Il culto del nuovo dio presentava caratteristiche più democratiche, in quanto presupponeva un maggiore egualitarismo fra gli uomini e si basava su testi sacri meno incomprensibili dei . precedente. La situazione si andava tuttavia complicando per Akhenaton: infatti gli ittiti, approfittando delle difficoltà interne causate da una rivolta suscitata dal clero di Tebe, fomentarono una insurrezione dei vassalli siro-palestinesi. La Siria si ribellò, gli Amorrei conquistarono i porti fenici precedentemente occupati dagli egiziani e il regno di Mitanni fu sottomesso dagli ittiti e dagli assiri.
La riforma religiosa di Akhenaton terminò con il suo regno; infatti gli succedette il giovane genero Tutankhamon, che riportò la capitale a Tebe e abbandonò il culto del dio Aton, restaurando quello di Ammone. Del regno di Tutankhamon non si sa quasi nulla; egli è noto soprattutto per lo splendido corredo funerario ritrovato nella sua tomba dai due archeologi britannici Howard Carter e George Carnarvon nel 1922. Al fondatore della XIX dinastia, Ramesse I (che regnò dal 1293 al 1291 a.C.), succedette il figlio Seti I (1291-1279 a.C.), che condusse campagne militari contro la Siria, la Palestina, la Libia e la potenza degli ittiti. Fece costruire un santuario ad Abido, e - come suo padre - scelse quale capitale Pi-Ramesse (odierna Qantir).
Gli succedette Ramesse II, uno dei suoi figli : a lui si deve la costruzione e l'ampliamento di gran parte dei monumenti di Luxor e di Karnak, dei templi di Abu Simbel e dei santuari di Abido e di Menfi. Ramesse II affrontò gli ittiti nella battaglia di Qadesh (avvenuta in Siria, sul fiume Oronte) nei primissimi anni del XIII secolo a.C., che però si risolse senza vincitori; dopo una ventina d'anni, egli concluse con Khattushili III, re degli ittiti, un trattato di pace versione egiziana sia in che prevedeva anche un reciproco aiuto in caso di aggressione esterna. Il pericolo era infatti rappresentato dagli assiri, che divenivano sempre più potenti e governavano un impero che si estendeva fino all'Eufrate. Il figlio di Ramesse, Merneptah , sconfisse i cosiddetti popoli del mare, gli invasori provenienti dall'Egeo che dilagarono nel Medio Oriente nel XIII secolo a.C.; è probabile che proprio sotto il suo regno sia avvenuto l'esodo degli ebrei dall'Egitto e che Mosè sia vissuto alla corte di Ramesse II.
I faraoni che succedettero dovettero affrontare le insurrezioni da parte degli ormai numerosi popoli assoggettati. Il secondo sovrano della XX dinastia, Ramesse III, riuscì a respingere la seconda incursione dei "popoli del mare" che si erano alleati con i libici: egli fece poi rappresentare le proprie vittorie militari sulle pareti del complesso funerario edificato a Madinat Habu, vicino a Luxor. Dopo la sua morte, l'Egitto conobbe un periodo di decadenza, dovuta principalmente al concentrarsi del potere nelle mani dei sacerdoti di Ammone, dei capi dell'esercito (che si arrogavano sempre più privilegi) e dei più importanti burocrati.